生物顯微鏡鏡頭受潮、灰塵，長霉菌，有朦朧光常見光學部分故障是因鏡頭受潮、灰塵，長霉菌，有朦朧光。實驗課學生用顯微鏡時沒有調節好焦距以為鏡頭模糊用手擦目鏡頭或者用手指鏡下看到的結構，不小心目鏡上留下的指紋或污漬。南方天氣潮濕，實驗室濕度大顯微鏡的鏡頭容易受潮或長霉菌。有朦朧光是因為清潔鏡頭不干凈引起的。如鏡頭內部污染或霉變，拆開清洗。用上述棉花或擦鏡紙蘸酒精由中心向周邊輕輕地作同心圓運動擦拭。擦干凈的高倍鏡、油鏡要按順序裝配好。

生物顯微鏡視野有特定污點另一種常見的光學故障主要是在顯微鏡的視野中發現有污點或不明圖像，這是由于目鏡或者試樣標本被污染，或者有刮損。可通過以下方法判定：先轉動目鏡，如果污點跟著旋轉，即確定污點存于目鏡上；然后移動試樣標本，如污點跟著移動，即確定污點是在標本片上；再檢查物鏡的前鏡頭，以及檢查后鏡頭，確定是否在物鏡上，根據污損情況進行清潔處理。